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但是却明确了辽东督师的权限，仅限于针对后金。其它无关后金的命令，海军和辽南完全可以不理。朝廷也可以直接插手海军和辽南的事务，不需要顾虑辽东督师感受。
可以说，孙承宗这个辽东督师的权威，被削掉了一大截。海军提督、辽南提督等官职，独立性大大增强。
这个结果，是所有人没有想到的，更是孙承宗无法料到的。他没想到自己只是在觉华岛的事情上稍作辩解，便引来皇帝这么大反应。
早知道这点，他就不做辩解了。直接让海军提督管辖辽东水师，自己管辖海军提督。
可惜，话从皇帝嘴里说出来，海军和辽南的事情，基本就算定下了。这两个方面的权力，算是从他手中丢掉了。
毕竟除了战场上和后金作战之外，谁能说得清海军提督和辽南提督平时是不是在针对后金？不是针对后金的事情，他这个辽东督师自然无法插手。
对这个结果很不满意，孙承宗却有苦说不出，根本无法争辩。
袁可立同样也想到了这一点，为自己的老朋友叹息。因为他同样知道，这件事无法争辩。
辽东督师的设立，本就是对付后金。以前孙承宗担任辽东督师时，也是专注于这件事，从不随便插手天津、登莱的其它事务。甚至在针对后金的事务上，商议时也很客气。
但他大学士督师辽东的身份在那，天津巡抚、登莱巡抚面对他的命令，自然很是重视。在很多事情上面，都会按他的指示行事。
可以说，孙承宗这个辽东督师，以前就是天津巡抚和登莱巡抚的上级。毛文龙这个归登莱巡抚节制的东江镇总兵，连和孙承宗商讨的资格都没有。
在被提升为辽南提督后，毛文龙才算是上了台面。但是却和辽东提督一样，属于辽东督师下属。这是皇帝把辽东巡抚撤销、设置辽东提督和护军使时，说清楚的事情——
提督和护军使，就是督师和总督的下属。
所以袁可立等人，对毛文龙提升为提督并没有什么反对，只以为皇帝为了安抚他，提升一下官阶。
如今他们才明白，皇帝的埋伏在这，除了针对后金的事情外，辽南提督和辽东提督不一样，并不是辽东督师的下属。
可以说，皇帝的话表面上是在明确辽东督师权限，实际却把辽东督师的权力削掉一大块。
除了在战场上指挥对后金的作战外，辽东督师的其它任何命令，辽南提督和海军提督都可以不理。问得紧了，他们还可以上奏朝廷，让朝廷再下定夺——
他们并不是辽东督师的下属，只是在针对后金的事务上，受辽东督师节制。
这个结果，让辽南提督毛文龙、海军提督俞咨皋，心里都乐开了花。若非指挥全局的是孙承宗，两人还指望能在他的安排下立大功，说不定就要笑起来了。
他们现在可是直属于朝廷，不是辽东督师的下属。辽东督师针对后金的命令他们会配合，至于其它命令，哪来的就回哪去。
可以说，皇帝的这个命令，两人受益最大。这让他们真切感受到，皇帝在提高武将地位，武将不完全是文官的附属。
俞咨皋受到鼓舞，想到福建的事情，询问皇帝道：
“海军提督，是只管北方海上的水师，还是所有海上的水师都要管？”
“南方海上的事情，海军提督要不要管？”
设立海军衙门的目的就是整顿全国海军，朱由检当然想让海军提督和海军护军使管起来，以后再把海军衙门转移到朝廷，让兵部实际成为陆军部。
所以他没有在意俞咨皋是否有私心，问他道：
“海军衙门在天津，南方海上的事情，能管得过来吗？”
俞咨皋听到有希望，当即就禀报道：
“臣自福建到天津，所用不到一个月。”
“如果能清理礁石、建设灯塔，把航线完善起来，速度还会更快。”
“南方海上的事情，在天津也能管过来。”
朱由检听得大喜，当即就下令道：
“在海军衙门设立航海署，负责航海保障和航线秩序。”
“一定要把南北航线确定下来，清理沿途的礁石、建设导航灯塔。”
“这件事要重点抓，一定要把北方和南方从海上沟通起来。”
俞咨皋闻言更喜，知道这样自己就能把大明海上的水师都管起来了。想到自己出身的卫所，俞咨皋道：
“沿海卫所，多有海防职责，他们有人有船，可以完善航线。”
“臣以为这些卫所，也该由海军管。”
这件事涉及得比较大，朱由检没有直接答应，而是看向袁可立。
袁可立泼冷水道：
“朝廷钱粮不足，九边还有欠饷，不宜在海上耗费太多。”
“沿海有海防道、巡海道、海防参将，还有副总兵分守海防。”
“海军衙门是不是都想管起来？”
朱由检知道海贸利润很大，关税能收很多，却一直不知道怎么才能提出来。
听到袁可立的话，满怀期待地看着俞咨皋，和颜悦色地道：
“俞提督，海军衙门能把这些都管起来吗？”
“如果能从海上收税，养活沿海卫所和官兵，朕就把他们划归海军衙门。”
“你这个海军提督，要把大明海疆都管起来！”